企业债务重组不可以扣除。公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。公司分立前的债务由分立后的公司承担连带责任。
《公司法》第一百七十四条公司合并债权债务的承继
公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
第一百七十六条公司分立前的债务承担
公司分立前的债务由分立后的公司承担连带责任。但是，公司在分立前与债权人就债务清偿达成的书面协议另有约定的除外。
二、企业债务重组方式
1、以资产清偿债务
债务人转让其资产给债权人以清偿债务的债务重组方式。债务人通常用于偿债的资产主要有：现金、存货、金融资产、固定资产、无形资产等。以现金清偿债务，通常是指以低于债务的账面价值的现金清偿债务，如果以等量的现金偿还所欠债务，则不属于债务重组。
2、债务转为资本
债务人将债务转为资本，同时债权人将债权转为股权的债务重组方式。但债务人根据转换协议，将应付可转换公司债券转为资本的，则属于正常情况下的债务资本，不能作为债务重组处理。
3、修改其他债务条件
减少债务本金、降低利率、免去应付未付的利息等。
以上三种方式组合
采用以上三种方式共同清偿债务的债务重组形式。
(1)债务的一部分以资产清偿，另一部分则转为资本;
(2)债务的一部分以资产清偿，另一部分则修改其他债务条件;
(3)债务的一部分转为资本，另一部分则修改其他债务条件;
(4)债务的一部分以资产清偿，一部分转为资本，另一部分则修改其他债务条件。
实际上从以上分析，我们可以看出在我国法律是严格保护债务债权关系的，可以说社会上不管是公司还是个人都不得随意的扣除债务以及抵赖,而如果遇到自身债务被扣除的建议可以联系律师帮忙进行处理
