第一，发行主体的差别。公司债券是由股份有限公司或有限责任公司发行的债券，我国2005年《公司法》和《证券法》对此也做了明确规定。公司债券的发行属公司的法定权力范畴，它无需经政府部门审批，只需登记注册，发行成功与否基本由市场决定;与此不同，各类政府债券的发行则需要经过法定程序由授权机关审核批准。

第二，发债资金用途的差别。公司债券是公司根据经营运作具体需要所发行的债券，它的主要用途包括固定资产投资、支持公司并购和资产重组等等，但在我国的企业债券中，发债资金的用途主要限制在固定资产投资和技术革新改造方面，并与政府部门审批的项目直接相联。

第三，信用基础的差别。在市场经济中，发债公司的资产质量、经营状况、盈利水平和可持续发展能力等是公司债券的信用基础。与此不同，我国的企业债券，不仅通过“国有”机制贯彻了政府信用，而且通过行政强制落实着担保机制，以至于企业债券的信用级别与其他政府债券大同小异。