原则：

1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院。

2、如果是采取联合运输，根据具体情况，如与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关，则由铁路运输法院管辖。

3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，可以由当事人选择法院管辖。

管辖法院：

当事人因为运输合同发生纠纷，可由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖进行管辖。运输始发地、是指货物运输的发运地或者旅客乘运地。

目的地，是指货物或者旅客到达地。同时有管辖权的人民法院不得无故推托，应当依法受理。对两上以上有管辖权的人民法院，当事人只能选择其中一个法院起诉，由最先受理的人法院审理。

另外，若当事人因上述运输合同发生纠纷，经过双方协商，可以自行解决，也可以向仲裁机构申请仲裁。