补发工资时计算个人所得税的办法：将已发工资与补发的工资数进行平均，计算出每月的工资，之后将实际发放当月的工资总额(包括补发的工资)作为应税收入额，按照百分之三至百分之四十五的超额累进税率来计税。

法律依据：

《《中华人民共和国个人所得税法》》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

(一)工资、薪金所得;

(二)劳务报酬所得;

(三)稿酬所得;

(四)特许权使用费所得;

(五)经营所得;

(九)偶然所得。

《《中华人民共和国个人所得税法》》第三条

个人所得税的税率：

(一)综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率;

(二)经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率;

(三)利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。

《《中华人民共和国个人所得税法》》第六条

应纳税所得额的计算：

(一)居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。