秦桧死于绍兴二十五年（1155），病死在家中。

秦桧死后，高宗为了稳住和议局面，依然褒奖秦桧，赠申王，谥忠献。但是，人们却对他恨之入骨，纷纷揭露他的奸恶，高宗乃罢其子秦熺的官职，其余党羽也被清除。

隆兴元年(1163年)七月，宋孝宗下诏，追复岳飞官爵，以礼改葬杭州西子湖畔的栖霞岭，岳飞一案完全平反昭雪。其后，秦桧的跪像在全国各地不断涌现出来。

秦桧在南宋朝廷内属于主和派，奉行割地、称臣、纳贡的议和政策。第二次拜相期间，他极力贬斥抗金将士，阻止恢复；同时结纳私党，斥逐异己，屡兴大狱，是中国历史上著名的奸臣之一。

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