都喜欢，御坂美琴和茵蒂克丝都是女主角。
1、御坂美琴
自从帮助美琴从不良少年的纠缠下结尾开始，便与她结下孽缘。因为他的右手轻易地消除了美琴的绝招，所以经常被美琴找麻烦。本来只是美琴决斗对象的“令她在意的存在”。
但在“绝对能力者进化计划”中美琴陷入绝望之际，上条赌上性命阻止了那场实验，成为了她心中“只要哭喊，就会来救我的英雄” ，美琴对他开始微妙起来。不过，对于美琴对他的好意，上条完全没有察觉，只把她看作是值得信赖的伙伴。
2、茵蒂克丝
某天跟茵蒂克丝在阳台上相遇，为拯救面对素昧平生的少女，上条义无反顾地面对危险，并斩断了束缚茵蒂克丝的“项圈”。
打这以后，上条作为防止茵蒂克丝背叛教会的枷锁跟她同居在一起。作为茵蒂克丝的保护人和管理者已经获得英国清教和学园都市双方的认可。
在上条眼中，茵蒂克丝就是个成天只会吃吃睡睡看电视的女生。
