根据结石发生的部位不同，可分为以下几类：
1、消化系统结石
消化系统结石包括胆石病（指发生在胆管和胆囊的结石）、胃肠结石等。其中，胆石病更为常见，根据病变部位的不同，又可分为以下三类：
（1）胆囊结石
主要为胆固醇结石或以胆固醇为主的混合性结石和黑色素结石。
（2）肝外胆管结石
又可分为原发性和继发性两类。原发性结石多为棕色胆色素类结石。继发性结石主要为胆囊结石排进胆管并停留在胆管内所形成，故多为胆固醇类结石或黑色素结石。
（3）肝内胆管结石
又称肝胆管结石，是我国常见而难治的胆道疾病。
2、泌尿、生殖系统结石
（1）尿路结石（又称尿石症）
①上尿路结石：包括肾结石、输尿管结石。
②下尿路结石：包括膀胱结石、尿道结石。
（2）男性生殖系统结石
①前列腺结石：由前列腺液中的钙盐和磷酸镁钙化形成。
②精囊结石：在临床上较为罕见，常发生于40岁以上男性，以血精、阴茎勃起时疼痛及射精时会阴部不适、精液中有结石为主要特征。
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