南京房产证办理流程是：申请人向房屋所在地的登记机关提出书面申请，登记机关对受理的申请进行权属审核，对可能有争议的申请采用布告、报纸等形式公开征询异议，进行最后的确认批准，发放房屋权属证书。

法律依据：

《城市房地产管理法》第六十条

国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。

《民法典》第二百零九条

不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。