1、性质不同：科学院院士是科学技术方面的最高学术称号，而工程院院士是工程科学技术方面的最高学术称号。

2、方向不同：科学院院士主攻方向是理论方面，其成长方式主要是通过重点综合大学和科技大师的培养熏陶，而中国工程院院士主攻实践方面，其成长途径，主要通过重点理工科大学培养和大量的工程技术实践。

3、特点不同：科学院在各地都有分院，研究特定的方向和领域，也有大学。而工程院更像一个俱乐部性质，管理分散在全国各地、各个不同单位的工程院院士。

注意事项：

根据新修订的《中国工程院院士增选工作实施办法》，从2013年开始，将实行院士候选人单一渠道提名，即候选人本人只能接受院士、单位、全国性学会中的一种渠道进行提名，并在提名书中签字确认，不得接受重复提名，否则将作为无效候选人处理。

凡2007，2009，2011年已被提名至中国工程院和被推荐至中国科学院的有效候选人，两院合计连续3次的，2013年必须停止1次被提名为中国工程院院士候选人的资格。