萌学园一共有6季，共分为六套主剧、一套外传和一部电影.

萌学园第一季《萌学园之萌骑士传奇》、萌学园第二季《萌学园2圣战再起》、 萌学园第三季《萌学园3魔法号令》、萌学园第四季《萌学园4时空战役》、萌学园第五季《萌学园5异界对决》、萌学园第六季《萌学园6复活之战》。外传《萌学园外传》、延伸节目《科学侦探团电影》、《萌学园之寻找磐古》，每部都不超过30集。