一、行政协议无效原因消除,协议还有效吗

行政协议纠纷提起行政诉讼的，行政协议无效的原因在一审法庭辩论终结前消除的，人民法院可以确认行政协议有效。

《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》

第十二条 行政协议存在行政诉讼法第七十五条规定的重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效。

人民法院可以适用民事法律规范确认行政协议无效。

行政协议无效的原因在一审法庭辩论终结前消除的，人民法院可以确认行政协议有效。

二、政府可否请求确认行政协议无效

政府认为行政协议违反法律规定的，可以向人民法院申请撤销行政协议或者宣告行政协议无效。

《中华人民共和国民法典》

第一百四十七条 【基于重大误解实施的民事法律行为的效力】基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

第一百五十条 【以胁迫手段实施的民事法律行为的效力】一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

三、行政协议无效的起诉期限

法律没有作出明确规定。《行政诉讼法》及司法解释对行政诉讼的起诉期限作了具体规定，但对于无效行政协议的起诉期限是否受到相关规定的限制，则一直存在争论，司法实践中的作法也存在较大差异。《行政诉讼法》第二条公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。