港澳通行证有效期5年。但是从2014年9月15日起，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。

一、签注有效期。内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游(G)、探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)、逗留(D)根据申请事由分类签发。其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。

二、办理。申请人要到户籍所在地的出入境管理处提交申请。申请材料有：居民身份证及复印件以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张，同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。