认定医疗事故罪的证据有门诊及住院病历、化验单、处方等书证；药品等物证；证人证言；被害人陈述；犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；以及鉴定意见等证据。但证据必须是依法收集的，且经查证属实。
二、医疗事故罪的界定
（一）医疗事故罪与医疗差错的界限
医疗差错，是指在诊疗护理工作申，医务人员虽有违反规章制度、诊疗护理常规的失职行为或技术过失，但未给就诊人造成死亡、残废、组织器官损伤导致功能障碍的不良后果的行为。医疗差错，从产生的原因区分，可以分为医疗责任差错和医疗技术差错。其中，医疗责任差错与医疗事故罪容易混淆，二者都表现为医务人员在诊疗护理工作中不负责任，违反规章制度或诊疗护理常规的行为。区别在于所造成的后果不同。前者未造成就诊人死亡、残废、组织器官损伤导致功能障碍的不良后果；后者则造成了就诊人死亡或身体健康严重损害的后果。对于医务人员由于严重不负责任，造成医疗差错的，不能以医疗事故罪论处。
（二）医疗事故罪与医疗意外的界限
医疗意外，是指由于病情或者病人体质特殊而发生难以预料和防范的不良后果。它与医疗事故罪都可能发生就诊人死亡或身体健康严重损害的后果，二者区别的关键在于主观上有无过失。如果就诊人死亡或身体健康严重损害，是因医务人员责任心不强，违反规章制度或诊疗常规造成的，则构成医疗事故罪，如上述后果是因医务人员难以预料或难以防范的因素所引起，由属于医疗意外，不能以犯罪论处。医疗意外与医疗事故罪中的疏忽大意过失颇为相似，二者不但都发生了严重后果，而且对严重后果的发生都没有预见。二者的区别在于，疏忽大意过失对严重后果的发生是应当预见而没有预见，医疗意外是对严重后果的发生是难以预见而没有预见。
（三）医疗事故罪与医疗技术事故的界限
国务院的相关规定将医疗事故划分为，医疗责任事故和医疗技术事故，医疗责任事故是指医务人员因违反规章制度、诊疗护理常规等失职行为所致的事故。医疗技术事故是指医务人员因技术过失所致的事故。区别关键在于造成事故的原因是失职行为还是技术失误。《中华人民共和国刑法》将医疗事故罪限定为责任事故，医务人员因技术过失所致事故，不构成犯罪。
