自宋代以降，科举制度的命运更加多舛。元代虽然最终接纳了科举制度，但是也曾经历过几次科举的废止。到了明代之后，八股文盛行，使得科举考试的应试文章标准化，更为后世所诟病。明末启蒙主义思想家们痛陈其病。黄宗羲毫不客气地说“愤科举之学禁锢人，思所以变之”，顾炎武则痛骂其造成“学问由此而弃，心术由此而坏”。虽然言词过于激愤，但是也反映出某些现实情况。清代初年，康熙曾于1663年下诏停止科举考试，认为科举考试中的八股文于政事无补，后接受臣子建议于1668年恢复。乾隆年间，也有人曾建议废止科举考试，认为科举考试积弊日深，应当换作其他办法；但乾隆发现没有什么办法能够替代科举考试，于是便搁置争议，沿用旧制。

然而让科举考试制度面临更大危机的，还在于清朝末年的时局冲击。

鸦片战争之后，在日益严峻的民族危机中，救亡图存成为时代的呼声。改革中国旧有的封建教育制度，培养适应时代的有用人才，成为朝野上下议政的热点之一。从同治年间开始，曾国藩、李鸿章就开始把原来大多由民间举办，学者掌控的私立学校——“书院”，改造成“新式学堂”。从19世纪60年代开始的35年里，洋务派人士先后在各地创办了多所新式学堂。在今天看来，洋务教育顺应了“西学东渐”的文化趋势，开设外国语、自然科学和实用科学等“西学”课程，同之前的传统教育有着很大区别。其中代表人物张之洞提出的“中学为体，西学为用”的主张，一直延续到了后来。

1895年甲午战败后，提倡变法维新的康有为痛斥科举禁锢人心、窒息社会、愚民误国，因此提出变通科举、兴办新学、渐废科举的主张。梁启超也指出：“变法之本，在育人才；人才之兴，在开学校；学校之立，在变科举。”废除科举的呼声日益高涨，于是在短短百日的戊戌变法中，维新派提出了“废八股，兴西学”和“创办京师大学堂”的政策主张。虽然维新变法没有成功，但是“创办京师大学堂”的政策却被清廷接受。维新变法失败后，兴学之风日盛。为统一管理这些新学堂，清廷先后在1902年和1904年公布了《钦定学堂章程》（史称“壬寅学制”）和《奏定学堂章程》（史称“癸卯学制”）。

在“壬寅学制”公布的前一年，也就是1901年，张之洞、刘坤一就一再提出递减科举取士名额，以学堂生员补充的建议。1905年9月2日，张之洞、袁世凯等人递呈《请立停科举推广学校交妥筹办法折》称：“危迫情形，更甚曩日……科举一日不停，士人皆有侥幸得第之心，以分其砥砺实修之志。”看着这些封疆大吏的折子，慈禧太后做出了决定，宣布自光绪三十二年（1906年）开始废除科举。《清帝谕令停科举以广学校》谕：“科举不停，民间相率观望，推广学堂必先停科举……著即自丙午科为始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试亦即停止。”

于是，千年古制，一朝废止。中国士大夫“朝为田舍郎，暮登天子堂”的梦想，顷刻间成为一枕黄粱。

百年之争：争论何时休

从科举废止之日起，有关存废的争论就一直存在着。仅仅在几年间，就有人提出恢复科举制。其中较有影响的是，1907年黄运藩以“整顿学务”为名提出恢复科举制度；给事中李灼华也曾奏请变通学校规则，“兼行科举”，均被否定。即便是曾经痛斥过科举制度的梁启超，也很快提出了为科举平反的主张。很快，越来越多的人开始客观地为科举制度进行正面评价，如孙中山、胡适、钱穆等。